Butrint omnämnds i Homeros poemer och enlig legenden sägs den blivit grundad av Hektor. Staden har varit bebodd i nästan 3000 år, och arkeologiska utgrävningar har pågått där sedan 1991. Det finns en mängd byggnader här, de äldsta från 800-talet f.Kr. I staden finns en välbevarad antik teater samt ett antikt badhus. Stadsmuren från 400-talet f.Kr. finns ännu kvar och trojanska murar.
Staden uppstod som en grekisk koloni, men har även varit en romersk stad. Den hade sin storhetstid under den bysantinska tiden, men övergavs i slutet av medeltiden när den stod under venetianskt styre.
Butrint är sedan 1992 klassat som ett världsarv, Albaniens enda.