Muhammed Ali blev utsedd till osmansk guvernör (wali) av Egypten 1805, där han bl.a. var ansvarig för morden på mamluckernas ledare. Ali genomförde genomgripande reformer i Egypten: han byggde en armé på Egyptens bönder genom uttagning till militärtjänstgöring, armén användes sedan till territoriell expansion för Osmanska riket i Egyptens närområde; Ali byggde också upp infrastrukturen, som kanaler och vägar. Han etablerade Egypten som ett av världens största bomullsproducerande länder. Utbildningen moderniserades även, men huvuddelen av Alis verksamhet var inriktad på stärkandet av armén.
I formell mening var Muhammed Ali underställd Höga porten, men i praktiken kom han att agera allt mer självständigt. 1831 utbröt inbördeskrig med sultanen på ena sidan och Muhammed Ali på den andra. Under ledning av Ibrahim Pascha, Alis son, erövrade den egyptiska armén Palestina och Syrien, och fortsatte mot Istanbul. Efter ryskt ingripande träffades dock en fredsuppgörelse 1833, där Muhammed Ali tilläts behålla Palestina och Syrien. Sultanen återupptog fientligheterna 1839, men besegrades av Alis trupper vid Konya i nuvarande Turkiet. Europeisk intervention i den osmanska maktkampen tvingade 1841 Muhammed Ali att dra sig tillbaka från Syrien.
Juli 1848 tvingades Muhammed Ali avgå pga. påstådd mentalsjukdom. Han avled sedan i augusti 1849, och efterträddes av sina söner Ibrahim Pascha och Abbas Pascha. Dessa visade sig vara svaga härskare, och inom några decennier stod Egypten under full brittisk kontroll. Den siste kungen av Egypten från Ali släckten abdikerade omkring 1955.
